Alloimmun, eller isoimmun, neutropeni hos nyfødte forekommer hos fosteret på grund af antigenisk inkompatibilitet mellem fosterets og moderens neutrofiler. Moderens isoantistoffer tilhører IgG-klassen, de trænger ind i placentabarrieren og ødelægger barnets neutrofiler. Isoantistoffer er normalt leukoagglutininer, de reagerer med patientens og faderens celler, ikke med moderens celler.