Klinisk kan diagnosen shigellose kun stilles i tilfælde af en typisk kolitisk variant af sygdommen. For at afklare diagnosen i tilfælde, der ikke er bekræftet af laboratorietests, udføres en rektoskopi, som i alle tilfælde af shigellose afslører et billede af colitis (katarrhal, hæmoragisk eller erosiv-ulcerøs) med skade på slimhinden i den distale tyktarm, ofte sphincteritis.