Hovedretningerne for lægemiddelbehandling af myokarditis bestemmes af de vigtigste led i patogenesen af myokarditis: infektionsinduceret inflammation, utilstrækkeligt immunrespons, død af kardiomyocytter (på grund af nekrose og progressiv dystrofi, myokarditisk kardiosklerose) og forstyrrelse af kardiomyocytmetabolismen. Det skal tages i betragtning, at myokarditis hos børn ofte forekommer på baggrund af kronisk fokal infektion, som bliver en ugunstig baggrund (forgiftning og sensibilisering af kroppen), hvilket bidrager til udvikling og progression af myokarditis.