Bestemmelse af antistoffer mod den mikrosomale fraktion af skjoldbruskkirtlen bruges til at diagnosticere autoimmun thyroiditis og hypothyroidisme, hvor niveauet af antistoffer i blodet stiger. Antistoffer mod skjoldbruskkirtelmikrosomer danner immunkomplekser på overfladen af celler, aktiverer komplement- og cytotoksiske lymfocytter, hvilket fører til celleødelæggelse og dannelse af en inflammatorisk proces i skjoldbruskkirtlen.