Behandling af meningokokinfektion afhænger af sygdommens kliniske form. Ved nasofaryngitis er behandlingen symptomatisk. Hvis diagnosen bekræftes bakteriologisk, anvendes benzylpenicillin, ampicillin, cephalosporiner af første og anden generation, chloramphenicol og pefloxacin i gennemsnitlige terapeutiske doser i 3 dage. Co-trimoxazol og aminoglykosider bør ikke anvendes, da de fleste eksisterende stammer af meningokok er resistente over for dem.