Påvisning af patogenet er af afgørende betydning for at bekræfte diagnosen pneumocystose. Hovedmaterialet til undersøgelsen er sputum, bronkiale sekreter, udvaskninger opnået under bronkial lavage eller bronkoalveolær lavage, stykker af lungevæv taget under transbronkial, perkutan eller åben biopsi. Oftest udføres disse manipulationer ikke på grund af patientens alvorlige tilstand for at undgå komplikationer.