Pseudomembranøs colitis udvikles oftest under påvirkning af langvarig brug af antibiotika som ampicillin, lincomycin, clindamycin, cephalosporiner, sjældnere - penicillin, erythromycin, chloramphenicol, tetracyclin. Clostridium difficile er en sporedannende grampositiv anaerob stav, der er i stand til at producere to typer eksotoksiner: toksin A og toksin B. Der er fire hovedårsager til pseudomembranøs colitis forbundet med C. difficile.