Patienter er bekymrede over følgende symptomer på flåtbåren encephalitis: hovedpine, generel svaghed, utilpashed, kulderystelser, varmefølelse, svedtendens, svimmelhed, smerter i øjenæblerne og fotofobi, appetitløshed, smerter i muskler, knogler, rygsøjle, øvre og nedre ekstremiteter, lænd, nakke og led.